此后，歌野晶午以每年1～2部作品的频率持续创作，但曾经迸发的热情，似乎随着时间缓缓凝固了。而2003年的《想你，在樱树长满绿叶的季节》（葉桜の季節に君を想うということ）一作，真正将他推上了推理界的神坛，并同时为他赢得了当年的两项大奖——“本格推理大奖”和“日本推理作家协会奖”。
作为较早引进中国的推理小说，《想你，在樱树长满绿叶的季节》可以说是中国推理迷们第一次如此近距离地接触“叙述性诡计”的作品，一经发行便在圈内引起了热烈的讨论。所谓“叙述性诡计”的作品，广义来说是指作者利用文章结构或文字编排上的技巧，对读者隐瞒某些事实或进行一些误导，直到最后才揭露真相，让读者感受难以形容的惊愕。这部小说中并没有什么惊世骇俗的杀人案，看似只是稀松平常地讲述主角tiáo查诈骗团伙，并顺便与女主角谈谈恋爱的故事。而就在读者以为这是一部控诉社会不良现象的“社会派小说”时，作者却在最后关头揭开真相，将之前所有让读者略微感到不合逻辑的线索重新串接。当拼图拼好后，呈现出的结果令读者始料未及……完全没有“密室”“bào风雪山庄”等传统推理小说的元素存在，却用更令人惊愕的方式将读者欺骗到了最后，足见作者笔力之深。
新本格革命家：麻耶雄嵩
1969年，人类登月成功，伍德斯托克音乐节开办；同时这一年，麻耶雄嵩出生。与绫辻行人等作家同样出身于京都大学的麻耶，在读书期间便得到了前辈岛田庄司的赏识，创作了半实验性质的处女作《有冀的黑暗》（翼ある闇メルカトル鮎最後の事件）后，又在1993年发表了号称日本推理界“新五大奇书”的（夏と冬の奏鳴曲）。
这部小说讲述的是，杂志编辑如月乌有来到一座孤岛上采访，却遇到种种不可思议事件的故事：名为“春与秋的奏鸣曲”的神秘电影、岛上与女主角相貌极其相似的画像、难解的雪地密室案件，加上不断穿chā于书中的“立体派绘画”及“帕西法尔”相关的内容……故事的主角并非传统推理小说中充当“侦探”或“助手”的角sè，而是整个故事的一把钥匙，当电影内容公之于众时，读者跟随主角一起进入了巨大的旋涡，随后的解答与发展虽然也说得上合理，却似有似无地显现出不平衡感。直到最后一页，故事中真正的侦探才正式登场，而侦探的提示则彻底颠覆了整本小说之前的剧情，使得之前给出的解答全部化为虚无，并强迫读者自己思索事件的真相。这种写作手法及创作思路上的创新，让该作成为日本推理界一部里程碑式的作品。
之后，麻耶又创作了等话题作品，尽管其革新性无法与一书相比，但也均为值得品味的佳作。
时空的cào纵者：西泽保彦
说起日本推理界最稳定、高产的作家，可能很多人都会第一时间想到西泽保彦这个名字。虽然不像上述作家那样拥有开天辟地般的惊世之作，但西泽保彦也有自己的招牌——以强烈的个人特sè保持着鲜活的创作力，永远不会让读者失望。
西泽保彦最为人熟知的作品，应该是以发散式思维进行推理的“匠千晓系列”。但他有一部作品入选了2013年的“周刊文春百大推理小说”，那便是大名鼎鼎的（七回死んだ男）。“我有一种独一无二的‘功能’——我可以像玩电子游戏一样存档，读档，再存档……”这部作品的主角拥有“将同一事件重复七次”的超能力，主角正是利用这种特殊的能力，在七lún事件中找出真相，阻止凶案发生。
在西泽保彦的“科幻推理系列”作品中，侦探破案往往不是依靠传统的“家访取证”，而是以“科幻设定”为关键点，进行逻辑推演。在另一部作品（人格転移の殺人）中，作者设定了在某个设施内，几人的jīng神和人格可以脱离肉体进行互换，在这种情况下，参与者除了要保护自己的灵魂外，还需要避免自己的肉体被杀，而凶手是谁的人格也成为最大谜团。对于既热爱推理又喜欢科幻的读者来说，西泽保彦的作品可谓是必读之作。
次世代作家的崛起：乾胡桃
进入21世纪以来，越来越多的日本读者不再满足于传统的推理小说。于是，在时代的孕育下，除了上述的几位，也有越来越多的日本推理作家开始剑走偏锋，渐渐闯出了自己的一片天地。
2004年，一位叫乾胡桃（乾くるみ）的作家发表了一部名为“爱的成人式”（イニシエーション·ラブ）的小说。此前，这位作家的作品虽然风格偏向黑暗，但基本上都算是比较扎实的推理小说，而这本《爱的成人式》则出乎读者预料，讲述了一对恋人从相亲相识，到远距离恋爱，再到背叛对方的故事。乍看之下，整部小说基本以爱情为主线贯穿，没有案件，没有死伤，怎么也不像是作者一贯的黑暗推理风格，然而小说的最后两句话，却揭开了读者不曾想到的真相。当读者再次仔细翻阅前情，才发现原来章节标题、细节，甚至小说的封面中都隐藏着大量线索。这使该作成为了日本推理史上的“杰作”级作品，并且被称为“一定要读两遍的小说”。
与乾胡桃同样出身于“梅菲斯特奖”的不少作家都纷纷加入了创新的道路。例如在多部作品中使用“将线索安排于小说排版印刷”的仓阪鬼一郎，他的作品中甚至连标点符号也能成为推理的关键；积木镜介则在《歪曲的创世纪》（歪んだ創世記）中彻底打破了“作者”、“作品”、“读者”三者的界限……
日常推理的兴盛：三上延＆米泽穗信
提到三上延与米泽穗信这两个名字，可能不少人会觉得有些陌生。但如果提起大热的日剧《彼布利亚古书堂事件记事簿》（ビブリア古書堂の事件手帖）和动画《冰菓》，不仅是推理圈，只要是熟悉日剧、动画的人应该都有所了解。
相比于动辄打打杀杀的传统推理小说，《古书堂》和《冰菓》这样的“日常推理”类作品反而开拓出了更大的市场。此类作品通常以少年少女为主角，故事中的“谜团”往往是日常生活中经常发生的现象，推理也多半建立在活泼有趣的基tiáo之上，并穿chā以主角们的“少女情怀总是春”之类的感情线，读起来令人轻松愉悦。《古书堂》系列三作的销量更是超过了300万册，成为了近年推理类小说市场上的黑马级作品。