氢弹的出现似乎只是更加激励了鲍林。关于氢弹的巨大破坏力的公众讨论使人们对美苏之间疯狂的军备竞赛增添了新的忧虑，因而愿意倾听鲍林关于和平和国际合作的人又多了起来。1950年2月13日，鲍林在座无虚席的卡内基大厅里作了一次报告，呼吁与苏联进行谈判，建议国会向国家自然科学基金拨款几百万美元用于研究战争的起因和预防措施，这是他所作的最jīng彩的政治报告之一。“讨论原子战争问题时，不应被诸如共产主义与资本主义谁胜谁负的问题所迷惑”，他说，“原子战争将杀死每一个人，不管他是左派、右派还是中间派。”他用有力的声音告诫台下的几千名积极分子：“我们的世界已经最终来到了一个需要迅速作出决断的紧要关头，这一决断将关系到人类走向光辉的未来，还是走向死亡和文明的彻底毁灭。”报告结束，他注视着台下的听众，全场响起bào风雨般的掌声。终究，他并不孤立。
1950年的整个春季，他不断地就军备竞赛、和平的必要性、氢弹及其给世界带来的后果等问题一场接着一场地作报告，在每次报告结束时，总要呼吁与苏联谈判，呼吁建立世界政府。
鲍林的每次报告都有人监听，这些人包括反共报纸的记者，加州非美活动tiáo查委员会（此时仍被称为特尼委员会，尽管特尼的主席职位已由另一个同样狂热的反共议员接替〕的情报人员以及联邦tiáo查局的特工。是年2月，海军情报机构将一封匿名信——也许是鲍林的某个邻居所写——转到了联邦tiáo查局，写信者说他亲眼看到“一台功率强大的无线电设备”装在鲍林家车库的一面墙上。“也许需要对这些教授进行一点秘密tiáo查，”告密者这样建议。这封告密信又引起了联邦tiáo查局对鲍林的兴趣。虽然后来查实所谓的！司谍装置不过是鲍林儿子的一台业余无线电设备，联邦tiáo查局还是决定对鲍林重新进行审查。5月18日，鲍林在由帕萨迪纳无党派人士和平委员会组织的小型报告会上作了一次报告，右翼杂志《警惕》的一名记者马上给联邦tiáo查局洛杉矶办事处写了一份备忘录，指控鲍林在讲话中“详尽介绍了原子弹的制造过程，随后还描述了氢弹是如何制造出来的”。这使胡佛对鲍林的讲话产生了极大的疑问。他指派一名特工人员到理工学院鲍林的办公室进行盘问，追查情报来源。鲍林实事求是地作了回答：他阅读了很多公开发表的文件和科学报告，然后自己推断出了一些结论。随后胡佛建议原子能委员会审查鲍林是否已经违反国家安全法。该委员会专家审查了鲍林的讲话记录，结果没有发现什么有价值的情报。他们告知胡佛，讲话中的技术估计非常粗略，够不上违反安全条例的行为。
反共狂热症
虽然联邦tiáo查局没能抓住鲍林的把柄，但他们决定对鲍林的密友下手了。曾当过鲍林科研助手达15年之久的西德尼·怀恩巴姆是一个共产党员。鲍林在20年代后期聘用他进行晶体结构中涉及到的复杂的数学计算。他jīng于此道，以至后来获得了“jīng密的人工计算机”这一美誉。此外，他也是一个充满生活情趣的人。他弹得一手好钢琴，还两次获得洛杉矶地区国际象棋冠军。他在鲍林手下工作得很愉快，认真仔细地为鲍林的研究专着补充各种数学推导。鲍林对他很友好，以一种老板对待雇员的方式不时邀请他和夫人到家里参加聚会。然而按照怀恩巴姆的说法，他们从不谈政治。
后来的事实说明他们当时没有谈论政治倒是一件幸事。怀恩巴姆的父亲是在俄国革命时期逃离俄国的犹太人，他本人在30年代成为一个左翼激进分子并参加了加州理工学院的“共产党俱乐部”，在那里经常与其他学生和青年教授谈论政治。1941年，他退出了这个组织。两年以后，他又离开鲍林的实验室到航空工业工作。战争结束后，他在加州理工学院的喷气动力实验室觅得一职。
1949年，怀恩巴姆的历史问题开始带来麻烦。从大战开始以来，他一直持有参与保密研究的许可证。现在由于发现他在青年时期与可疑组织有关系，他的机密工作许可证被吊销，喷气动力实验室也立即将他解雇。鲍林为了帮助他，就将他要回自己的实验室做一些非机密性工作，而同时理工学院将此案件上诉到军事复审机关。怀恩巴姆在作证时否认自己是共产党员，但联邦tiáo查局掌握了确凿的证据。为了破获理工学院的间谍组织，他们要挟怀思巴姆提供同伙的名字。怀思巴姆拒绝这样做，于是他在1950年春季以伪证罪被逮捕。。
这个案子在南加州引起了一阵小小的轰动。尽管最终未发现任何间谍活动的证据，但由于怀恩巴姆在绝密的喷气动力实验室工作过，因此他是南加州揭露出来的最接近于共产党间谍的人物。他的案子几乎每天都出现在当地报纸的新闻标题中。
在取保候审期间，怀恩巴姆向鲍林求助。鲍林记得怀恩巴姆当时因为没有钱供养妻子女儿而“忧心如焚”。他告诉鲍林，他的妻子莱娜（鲍林夫妇了解她是一个易于激动的女人）快要急疯了。鲍林答应为他筹集聘请律师的费用，并立即与其他教师一起筹措一项法律诉讼基金。
在理工学院校董会内那些极端保守的董事们眼里，怀恩巴姆与鲍林的联系是说明鲍林是共产党员的有力证据。他们找到了杜布里奇，坚持要他对鲍林采取必要措施，以免报上的不利舆论进一步损害学校的名声。“当时学校里的情况是一些人对共产党的憎恨达到了几乎狂热的程度，”曾经当过校董的贝克曼这样回忆说，“莱纳斯的行为使他们感到非常不满，特别当莱纳斯的亲密朋友怀恩巴姆被指控并确认为共产党员后，这种不满情绪更加高涨。很多人认为莱纳斯是共产党员。而莱纳斯是一个具有独立品格的人，他根本不做任何事情去平息他们的不满情绪。”佩奇和杜布里奇继续劝校董们保持耐心和平和，等待进一步的证据。杜布里奇向校董会保证，如果事实证明理工学院的某个教师是共产党员，他就立即将他开除。他说，共产党员必须受到纪律制裁，因为他们不可能将真理教给学生。然而现在尚无证据证明鲍林是共产党员。这件事使校董会分裂成两派，一派主张马上开除鲍林，另一派主张再等一等。贝克曼回忆说，“就我所知，这是校董会内意见对立最为尖锐的一个问题。”
不管出现哪种情况，对杜布里奇都是一个灾难。一方面，鲍林的最新研究成果，特别是他对镰状血红蛋白的研究成果以及他关于分子病理学的整体构想，使他在科学界的地位达到了新的高峰，连带着也提高了加州理工学院的地位。开除一个资历浅的教师是一回事，而出于政治原因开除一个像鲍林这样有着崇高学术地位的科学家完全是另一回事，这在美国尚无先例；如果这样做，势必会在国际科学界激起强烈批评的浪cháo。然而另一方面，如果一点措施也不采取，那么就会激怒一些地位显赫的校董，并造成杜布里奇对付共产党软弱无能的印象。他以等待怀恩巴姆案件的审讯结果以便获取鲍林是共产党的确切证据为由拖延时间，并尽力平息校董们的不满情绪。审讯持续了整个春季，结果没有发现鲍林是共产党员的任何证据。
随后于1950年6月25日，共产党北朝鲜向南方推进，怀恩巴姆案件就此退出了报纸头版。两天之后，杜鲁门宣布美国将派遣军队击退共产党的进攻，由此引发了新一lún的反共浪cháo，冷战也变成了热战。这可不是对叛徒嫌疑分子讲究温情的时候。
就在杜鲁门出兵朝鲜后两天，理工学院校董会秘密决定成立一个委员会以“tiáo查鲍林博士在学校的工作是否有损于学校以及是否需要终止对他的聘用，并向校董会提出相应报告”。杜布里奇担心，由于这个委员会全部由企业界人士组成，会被人认为具有片面性，因此又成立了一个平行的由教授组成的委员会，并独立地提出一份报告。所有这些工作均在秘密状态下限时完成。杜布里奇希望通过这种方式静悄悄地把这件悬案了结。这是加州理工学院历史上第一次进行的校内政治审查。
同一天，一个秘密小组聚集在华盛顿一间毫无特征的屋子里。他们面前坐着一个脸sè苍白，神情紧张，身着一套黑sè西装的白发人。他是拿联邦tiáo查局薪俸的密探，名叫路易斯·布登兹。他是来告密的。
布登兹以前是共产党员和《工人日报》的执行编辑。他因揭发昔日的同志而早已闻名全国，并挣了不少钱。自从他在1946年向众议院非美活动tiáo查委员会敞开心扉后，联邦tiáo查局向他进行了三千个小时的“咨询”。接着布登兹开始了他的“我是前共产党员”巡回演讲，并开始著书揭露内部的赤sè恐怖。这种生活相当不错，不过需要他不时公开一些新的内幕。布登兹和许多疯狂反共的人一样，习惯于过激的言论。他在《没有脸的人》一书中声称知道在美国社会高层的四百个“隐蔽的共产党人”。他在1950年6月到华盛顿的目的就是向秘密小组提供这四百个人的名单。在罗列了他所知道的所有货真价实的共产党员之后，他开始列举那些他觉得可能是共产党员的人。其中的一个人的名字是莱纳斯·鲍林。
布登兹的证词没有见报，而胡佛对他提到每一个人进行了tiáo查。联邦tiáo查局对布登兹证词中提到鲍林特别感到满意；有了这样一份宣誓过的证词，联邦tiáo查局现在可以不受忠诚tiáo查的限制了。胡佛下令对鲍林再次进行全面的tiáo查。1950年夏天到初秋的三个月中，他的特工人员旁听了鲍林的演讲；盘问了他的朋友；翻阅了他在加州理工学院的个人档案；复制了他的特尼委员会档案；与众议院非美活动tiáo查委员会进行了交流，那里的tiáo查人员刚刚往鲍林的卷宗内添加了从《每日人民世界》上剪下来的35篇报道；又仔细查阅了坎特伯雷红sè教长来访的档案；复查了他对怀恩巴姆的支持；并再次核查了鲍林参加过的每一个“共产党阵线组织”。
他们没有发现鲍林参加共产党的任何证据。胡佛仍然不能采取任何法律行动，但是，当10月17日这份27页的联邦tiáo查局报告完成之后，他建议把鲍林的名字放到安全索引中去。这份新造的名单包括美国最上层的“共产主义同情者”，胡佛认为他们有损于国家安全。国会新近通过了《国内安全法案》，史无前例地赋予政府在和平年代控制国内政治活动的巨大权力，这份名单正是这一法案的产物。被列入联邦tiáo查局名单的人将受到经常性的监视，他们的档案每六个月要更新一次。
联邦tiáo查局的报告完成后的一个星期，鲍林接到电讯社一名记者打来的一个电话。“参议员麦卡锡对您的指控是真的吗？”记者问。鲍林说自己没有听到过任何指控。“他称您和其他六位与共产党有联系的原子科学家对安全构成威胁，”记者说道，“他说您是共产党阵线组织的成员，在这一方面您有‘几乎令人难以置信的记录’，是真的吗？”鲍林一直注视着麦卡锡借助新闻界不遗余力地散播随心所欲、肆无忌惮的指控而飞黄腾达。他重复说，他从未听到过任何指控。“我一直支持能够最终导致和平和避免核战争的国际政策，我想麦卡锡参议员说的就是这些吧。”
第二天，他的名字出现在全国各大报纸上。“麦卡锡说赤sè分子渗透进了原子弹项目，”《纽约先驱论坛报》以醒目标题报道。这是麦卡锡的随手一击，报道中鲍林的名字是从布登兹的证词中拿来的，夹杂在一些实际从事原子弹项目的科学家名单之中。指控含糊其辞，没有给出任何证据，以后也没有什么新的东西；在头条报道之后，参议员又去寻找其他的目标了。
但是由此而造成的损害是不可估量的。现在全国尽人皆知鲍林是对安全的威胁，他在美国士兵正在朝鲜战场上前赴后继的时候为共产主义辩护。尽管他能够处理那些接踵而至的杭议信——在战后的日裔美国人事件后他不时地会收到此类奇怪的信件——但是接着发生了一桩令他困惑的事情。伊莱·莉莉医药公司给他写来一封信，这是一家鲍林在1946年开始提供咨询的公司。1949年，这家公司与鲍林续签了三年合约，将他的年费提高到4800美元。相对于鲍林有限的咨询而言，这是一笔不小的收入，但公司称鲍林“杰出的服务”使他当之无愧。现在仅仅一年之后，他们来信告诉他合同被取消了。鲍林说，“信中没有给出任何理由，但是后来，前研究部主任、当时的研究部主任助理告诉我取消的原因是由于我的政治活动，如果我能够宣布在未来不参加任何政治活动的话，合同有可能得以恢复。”
鲍林的政治倾向殃及他的科学研究工作，上述事件并不是唯一的例子。同年，海军研究局化学部主任邀请鲍林主持一个委员会，评价海军研究局资助的化学研究项目的进展情况，并帮助制定新的研究方向。这是一个具有相当威望的职位。然而海军研究局驻帕萨迪纳的主管获悉这一邀请之后提出了强烈抗议，他队海军研究局和联邦tiáo查局档案中收集材料，给上级送去了一份有关鲍林参加共产党阵线组织的十点报告。“让一个忠诚度有疑问的人来主持这个海军研究局委员会的工作实在令人难以接受，”这位主管写道，不仅是因为有泄密的可能，而且如果国会经过tiáo查发现海军提名一个“共产党同情者”出任一个敏感职位的话，将会把海军研究局置于一个“非常尴尬的境地”。化学部主任被弄得狼狈不堪，被迫收回了邀请。
加州理工学院的内部tiáo查持续了整个秋天。鲍林夫妇试图保持往常那样的平静生活，但是越来越困难了。鲍林在自己的分子结构和最近刚刚修正的蛋白质模型中寻求解脱。他和爱娃继续参加教师的聚会。他们大多数的朋友对这种政治压力不以为然，试图帮助鲍林夫妇坦然置之，但是也有一些教师表现出冷淡，而且情况越来越糟。当怀恩巴姆被认定犯有伪证罪而坐牢之后，鲍林注意到人们在与他擦肩而过时总是避开他的目光，疏远他，特别是在进行内部tiáo查的时候。鲍林属于熟人很多但是密友很少的人；他需要同事的喜欢和尊敬。当他看到他们都在躲避自己的时候，内心受到了莫大的伤害。
被自己的学校tiáo查的压力，抗议信件，失去伊莱·莉莉公司的合约，校园中的敌意，所有这一切都开始郁积起来。鲍林在公开场合从未流露出他的忧虑，但是爱娃知道她的丈夫正在承受着巨大的压力。她本人也同样如此。在遭麦卡锡指控后不久，鲍林以前一个友好的学生在茶话会上询问鲍林的近况。爱娃一时失去了自制，眼眶中充满了泪花。“我不知道我的丈夫还能坚持多久，”她说。
内部tiáo查终于在那年秋天结束了。两个委员会都没有发现鲍林参加共产党或是违法乱纪的任何证据。尽管一些董事强烈坚持开除鲍林，教师委员会最终仍决定留下鲍林，说在没有任何证据的情况下开除鲍林不仅将使学校失去一位世界一流的化学家，还将使学校在全世界的科学家面前丢脸。在杜布里奇看来，这次tiáo查是一个成功：既释放了保守的校董们的怒气，又使他能够理直气壮地为鲍林辩护。当他又收到一封信，质问他为什么不把鲍林和其他赤sè分子从学校中清除出去的时候，杜布里奇解释说，鲍林的罪名已经被洗刷清楚了，他还加上一句说，“我希望在这个国家中，一个人不会因为他的政治信仰不随大流而遭到迫害。”
让他认识自己的错误
然而这个国家已经今非昔比——即便鲍林不承认这一点。整个50年代，他继续着自己的政治活动，好像什么也没有发生一样：他筹款为怀恩巴姆辩护（尽管在怀恩巴姆受审的大部分时间里他都不在城里，以免出庭作证）；同意充当好莱坞十君子之一的剧作家达尔顿·特朗勃的假释指导人；参加了美国科学工作者协会，这是一个由法国原子物理学家，共产党员弗雷德里克·约里奥—居里1导的左翼国际组织在美国的分支；在美国进步公民协会和艺术、科学和专业人士委员会中保持领导地位；并继续就那些让他惹上麻烦的话题发表演说。
1弗雷德里克·约里奥—居里（fiederic joliot-curie，1900—1958），法国原子物理学家，著名科学家，皮埃尔和玛丽·约里奥—居里夫妇的长女婿，与其妻伊伦·居里（irene juliot juliot—curie）合作发现中子而共获1935年诺贝尔化学奖。
在那段时间内，他是美国为数不多的几个坚持就和平和民权公开发表自己观点的知名人士之一。当众人明哲保身的时候，他们却承受了个人和职业的风险。尽管人性自然地倾向于保护自己，鲍林却坚守阵地。他当然乐意将所有的时间都投入科学，避免任何政治纷争而专注于揭开自然之谜，并享受由此带来的个人满足、地位、金钱和荣誉。至少在科学上来说，鲍林并不是一个反叛者。他的勇敢表现在他敢于越过学科的界限，但是他的勇气是建立在科学的基本准则和预测上的。他的成功并不在于推翻科学秩序，恰恰相反，他在其中如鱼得水。他比别人更勤奋，更敢于将自己的思想推向更高的层面，实际上，他非常希望成为这种秩序的一部分。他希望得到——而且在一定程度上需要——别人的掌声，需要科学院和学术团体授予的奖励和荣誉。他后来说，从这一点来说，他是一个遵纪守法的人。
与此形成鲜明对照的是，他的政治活动表明他绝对不是一个墨守成规的人。在这一领域中，他公开地挑战权威。拿他的话来说，在麦卡锡时代，“我性格中有两种对立的品格彼此在争斗：一种要我听话，一种要我相信自己的判断。”
在政治舞台上，他妥协的欲望被另一种更为强大的力量所替代：他对自己的信心。在一种层次上，他可以简单地说，就像他在那段时间里经常说的那样，“我觉得投身政治是我作为一个美国公民和一个科学家的职责。”但是在内心深处，他必须为自己冒如此大的风险，给自己和家庭带来如此大的压力寻找一种理由。他以科学家的思维方式苦苦思索着自己的政治信仰。
如同所有科学家一样，鲍林是启蒙运动的产物。和许多启蒙运动的哲学家一样，他用理性替代了上帝，而且他相信理性的思维和科学方法的应用将促使社会不断地进步。知识是钥匙。鲍林的道德观念来源于他相信的真理；他知道自己是一个理性的人，而且他相信其他理性的人只要有足够的知识，也会得出与他相似的结论。
鲍林的信念反映了从大萧条到60年代初期其他许多左翼人士和自由派人士的观点。一些科学家尝试共产主义并参加左翼政治活动，因为这一体系建立在理智和理性之上。法国的伯纳尔和约里奥—居里成为左派，因为他们发现在此可以用科学方法来处理人间的事务。为最多的人创造最多的利益这一社会主义思想在统计学上是完全正确的。苏联在这一意义上也许称不上完美，但是至少它采取了勇敢和必要的步骤来推进人类的进步，如将理性运用到处理人问事务中来，将科学家提升到社会的顶层，并制定出一个个理性的五年计划。相对而言，资本主义提升的是企业家，奖励的是贪婪。
鲍林信仰科学人文主义和社会主义，并用一种独特的美国言论自由补充这一种信仰。在此，他的政治理论相当简单，和他的科学思想同源：建筑在已经证实的知识体系上，将问题分解为几个组成部分，将注意力集中在最重要的部分上，并用新的认识重新将这几个部分组织起来。他相信美国政治的基础——知识体系和公认的智慧——是美国宪法和《人权法案》，他推崇这些文件是启蒙运动哲学的不朽丰碑。在麦卡锡时代，他认为代议制民主和言论自由具有特殊的重要性，并从一种科学的立场来分析这些概念。照他的观点，美国的政治如同量子力学一样，可以用统计学来解释。“真正的民主体系运作的原则是，没有任何人聪明到可以单独一个人对非常复杂的问题作出正确的决定，作出正确的决定就是将民主制度下所有公民的意见加以平均的过程，”他写道。“这些观点对应着一条从左向右延伸的概率分布曲线。如果现在我们说所有位于右侧的观点都是不正常的，取平均值时应该剔除，那么我们得到的平均值就是错误的。只要理解概率，那么民主体系的运作显然要求每个人都有对政治问题表达自己观点的权利，不管他的观点如何。”
因此，他现在处于概率曲线左侧并没有关系。他仍然是一个有效的数据点。他有权表达任何他喜好的观点。至少对鲍林而言，这是一个科学事实。
这一认识激励着他。同时，还有另外一个动因激励他继续发表自己的观点。“大多数科学家停止不前了。我可以理解他们。我能够理解为什么有人认为这一牺牲太大了。他们知道他们会失去工作。他们可能无法继续他们的科学研究。我也有同样的担忧，”他如此评论麦卡锡时代，“但是我将继续战斗，为了继续得到我妻子对我的敬意。”
8月，鲍林收到伯克利学术会议代表寄给他的一封信，请他支持他们，反对加利福尼亚大学校务委员会强迫他们作效忠宣誓。他们在信中写道：“一股恐惧、仇恨和疑虑的情绪已经蔓延到全校。学者们迫于生计，不得不默许一些他们知道将摧毁他们的职业和生活的真正意义的东西。”
鲍林的反应异常激烈。“加利福尼亚大学校务委员会先前引进的政治测试已经使学校受害不浅。这些测试限制了思想自由和对真理的探求，”他在一份公开声明中宣称。“除非校务委员会放弃他们早先的行动，加利福尼亚大学将无法重新恢复其卓越的地位。”他将自己的言论复印了一份送交学术会议，并附上一张便笺，建议校务委员会的成员——他们主要来自工业界、金融界和农业界——应该被一批“理解教育和学术的明智人士”所替代。伯克利学术会议保证报纸广泛地宣传了鲍林的观点。
过了十一个星期，1950年11月13日早晨，一个人走进了鲍林在加州理工学院的办公室，交给他一张传票，传唤他到洛杉矶加州教育tiáo查委员会出庭。鲍林将传票读了两遍，才看清出庭的时间就是当天上午十点半。传票终归是传票。鲍林取消了全天的活动，抓起茄克衫，朝自己的汽车走去。