南湖书院在台南府治法华寺傍，乾隆二十九年台湾府知府蒋允焄建，以为诸生肄业之地，今废。允焄所撰碑文，载于台湾县志。

正音书院在台湾县署之左，雍正七年奉文设立，凤山、诸罗两县亦设，今俱废。

引心书院原在县治檨仔林街，嘉庆十五年，邑绅黄拔萃就白莲教斋堂抄用，称引心文社，独任膏火。十八年，知县黎溶与拔萃议，改为台湾县书院，各捐款置产，嗣移于柱仔行街。知县姚莹又捐款生息。光绪十二年，改为蓬壶书院。

蓬壶书院在县治赤嵌楼之右，光绪十二年，台湾县知县沈受谦建。

奎楼书院在台南府治道署之旁，雍正四年，为诸生集议之所。

凤仪书院在凤山县署之东，嘉庆十九年，知县吴性诚建。

屏东书院在凤山阿猴街，嘉庆二十年，凤山知县吴性诚，下淡水县丞刘荫棠建。

玉峰书院在嘉义县治西门内，为旧时县学之址，乾隆二十四年，诸罗知县李倓改建。

宏文书院在台湾府治，光绪十五年建。

白沙书院在彰化文庙之左，乾隆十年，淡水同知摄彰化县曾曰瑛建。

二十四年，知县张世珍重修。五十一年之役，被毁，知县宋学颢乃改建于文祠之西。嘉庆二十一年，署知县吴性诚重修，规模较大。先是，嘉庆十六年，知县杨桂森议以南门外旧仓改建主静书院，延师主讲，以为贫士肄业之地，劝捐千余圆，置田生息，后不果建，遂以此租拨归白沙书院。

文开书院在彰化辖鹿港之新兴街，道光四年，鹿港海防同知邓传安倡建。中祀朱子，旁以沈光文、徐孚远、卢若腾、王忠孝、沈佺期、辜期荐、郭贞一、蓝鼎元配，皆台之寓贤也。光文字文开，故以其表德名书院。传安自撰之，记载于彰化县志。

龙门书院在云林县治，乾隆十八年建。

蓝田书院在云林县辖南投街，道光十一年，南投县丞朱懋延请南北投水、沙连两堡士庶议建书院，乃以生员曾作云、管俊升等董其事，十三年成。内祀朱子，为讲堂，旁为斋舍，费款四千一百余圆。众又捐款置田，延聘山长以为膏火诸费，贡生曾作霖立碑记之，现在院中。同治三年五月，绅士吴联辉重建，兵备道丁曰健题曰：“奏凯崇文”，以戴cháo春之役方平也。光绪十年，联辉之子朝阳又修之。

英才书院在苗栗县治，光绪十三年建。

登瀛书院在台北府治，光绪六年，台北府知府陈星聚建。

明道书院在台北府治，光绪十九年，台湾布政使司沈应奎建。

学海书院在台北府治艋舺下嵌庄，原名文甲书院，道光十七年，淡水同知娄云议建，未行，二十三年，同知曹谨续成之。二十七年，总督刘韵珂巡台至艋舺，易以今名。同知曹士桂自为山长，诸生肄业者数十人，文风丕振。同治三年十月重修。

明志书院在新竹县治西门内。先是，乾隆二十八年永定贡生胡焯猷以其兴直堡新庄山脚之旧宅自设义学，颜曰明志，并捐学租，以为经费。淡水同知胡邦翰嘉之，禀请大吏，改为书院。翌年，总督杨廷璋立碑记之。三十年，同知李俊原以书院距治太远，课士不便，议移南门内。四十二年，同知王右弼乃以校士经费存款，以事改建。四十六年，同知成履泰又以南门地势低洼，移于西门之内。道光九年，同知李慎彝修之。

仰山书院在宜兰县治文昌宫之左。初，杨廷理入兰筹办时，以宋杨龟山为闽学之宗，而兰之海中，亦有龟山屿，故名仰山，志景行也。嘉庆十五年，始建一椽，至二十四年，噶玛兰通判高大镛乃延师开课，而屋渐圮。道光元年，署通判姚莹改筑于后殿左厢，亦只一厅一室，未几复圮。十年闰四月，署通判萨廉乃就旧址新筑三楹，为课士之地。自道光初年以清丈余款充为租息，岁入约千圆，以供诸费。

崇基书院在基隆厅治，光绪十九年建。

文石书院在澎湖厅辖文澳之西，乾隆三十一年，通判胡建伟循贡生许应元等之请捐款新建。中为讲堂，祀宋代周、程、朱、张五子，旁为斋舍，各十间，以澎产文石，故以名之，其后叠修。道光七年，通判蒋镛与副将孙得发、游击江鹤等捐俸倡修，自为主讲，以束修充工资。九年春，改建魁星楼于巽方，以取文明之象，并请筹款生息。光绪元年，董事蔡玉成邀集士商重议修建，计捐二千余两。二年冬落成，规制宏敞，然以经费支绌，玉成又亲赴道署禀请筹拨，巡道刘璈许之，而宾兴膏火之费始裕。