事实证明，这两手准备做得很及时。雍城到处是嫪毐的耳目，他已经觉察到嬴政知道了事情的真相。仓促之间，嫪毐下令武装自己的门客与奴仆，又假传太后旨意tiáo动雍城的警卫部队，纠集数千人向蕲年宫发动了进攻。

叛乱者人数虽多，却以乌合之众为主，在遭到有力的反击之后，便陷入进退维谷的困境。这时咸阳来的勤王部队又进入了雍城，当地百姓看到这副场景，也纷纷拿起武器去支援蕲年宫。没经过太激烈的战斗，叛军崩溃了。

嫪毐趁乱逃出了雍城，但是在“生擒嫪毐者赏钱百万，杀死嫪毐者赏钱五十万”的悬赏下，很快被抓了回来。他的主要党羽也被一网打尽，送到雍城受审。

嫪毐毫无悬念地被判处车裂之刑，并灭三族。死党二十余人被判斩首，门客和奴仆四千余人被判流放巴蜀地区垦荒。他和太后生的两个私生子也被杀，太后则被幽禁在雍城宫中，失去了人身自由。

对于一场叛乱而言，这样的判决委实不算太重。但是仍有人上书向嬴政提意见，说他不应该这样对待自己的母亲。这也是中华民族自古以来的“美德”之一，叫作子不嫌母丑，母亲不管干了什么丑事，终归是母亲，做儿子的只能原谅。嬴政正在气头上，下令：“谁敢再劝谏太后一事，斩首示众！”饶是如此，仍有二十七人冒死进谏，结果统统被杀。

后来，有一位齐国来的茅焦先生劝说道：“秦国马上就要号令天下了，现在大王却囚禁了自己的母亲，恐怕诸侯听说后，因为这件事而背叛秦国。”

这时嬴政气也消得差不多了，出于政治上的考虑，便亲自跑到雍城，将太后迎回了咸阳，仍旧住在甘泉宫。

对于刚刚亲政的嬴政来说，平定嫪毐之乱可谓一举两得。其一自然是荡涤了太后宫中的乌烟瘴气，排除了太后对政局的干扰；其二则是嫪毐被捕之后，将吕不韦如何送其入宫，又如何替他们掩藏私生子等事和盘托出，嬴政以此为由，罢免了吕不韦的相位，令他回到河南的封地上去养老。

据说，嬴政一度也想杀掉吕不韦，但是考虑到他为先王即位立下过大功，又有很多大臣为他求情，便产生了慈悲之心，放了他一条生路。

此后一年多里，各国的使者络绎不绝来到河南，想请吕不韦出来做官。吕不韦自然没有答应，但是嬴政很担心吕不韦为诸侯所用，于是写了一封信给他，说：“您对秦国究竟有什么功劳，以至于可以享受十万户的封邑？您跟秦国有什么血缘，以至于让寡人称作仲父？为了秦国的安宁，您还是搬到蜀地去居住吧！”

所谓搬到蜀地去住，等于就是流放了。吕不韦将那封信放在案头，默默地看了一整晚。第二天早上，仆人们进去清扫，发现他已经僵硬地倒在地上。

官府验尸报告如是注明：吕不韦，男，原籍卫国，曾任我大秦相国，因被罢免，患有抑郁症，饮鸩自杀，年五十七岁。

耐人寻味的是，吕不韦刚死，嬴政便下令解除对嫪毐门客的流放令，让他们都回到咸阳，重新做人。这是对太后表示内疚，还是对吕不韦表示嘲讽？后人无从得知。

《史记》中，司马迁曾经这样描述嬴政：“秦王为人，蜂准，长目，挚鸟膺，豺声，少恩而有虎狼之心。”翻译成现代文：秦王高鼻梁，细长眼，xiōng脯像猛禽，声音像豺狼，刻薄寡恩，心如虎狼。从他对待吕不韦这件事来看，嬴政确实没有什么感恩之心。这种虎狼性格使得他风卷残云一般收拾了山东六国，也为大秦帝国的灰飞烟灭埋下了伏笔。